组分与固定液分子间的相互作用直接影响色谱柱的分离情况。显然，与固定液作用力大的组分将后流出；相反，作用力小的组分则先流出。因此，在色谱分析前，必须充分了解试样中各组分的性质和各类固定液的性能，以选用最合适的固定液。
分子间的作用力是一种极弱的吸引力，主要包括静电力、诱导力、色散力和氢键力等。如在极性固定液柱上分离极性样品时，分子间的作用力主要是静电力，被分离组分的极性越大，与固定液间的相互作用力就越强，因而该组分在柱内的滞留时间久越长。
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